受領した注文書や見積書も『勘定奉行クラウド』に保管できますか

はい。保管できます。

『勘定奉行クラウド』は、注文書・見積書など、仕訳伝票の起票に直接関係しない一般書類のファイル保管にも対応しています。
［財務会計 ‐ 取引入力 ‐ 証憑リスト］メニューで、アップロード済みの書類のファイルに「日付」「金額」「取引先（支払先情報）」を登録します。（検索要件の確保）