電子取引データの保存で、『証憑収集オプション for 勘定奉行クラウド』を利用せずに運用できますか

はい。改ざん防止措置として、「正当な理由がない訂正・削除の防止に関する事務処理規程」を定めることで、『証憑収集オプション for 勘定奉行クラウド』のタイムスタンプに代えて運用できます。
事務処理規程のサンプルは、こちらをご参照ください。