伝票を登録後に、請求書や領収証などの証憑ファイルを「追加」または「付け替え」をすると変更履歴に残りますか

はい。『奉行クラウド』では、伝票に証憑ファイルを添付して登録後に、ファイルの追加や差し替え・削除をした場合も、記録は残ります。

各サービスの［伝票履歴］メニューで、追加・付け替えた証憑の履歴を確認できます。
証憑の付け替えや、削除した伝票に関連付いた証憑ファイルも管理されています。