紙と電子の請求書が混在しますが、すべてを電子データで管理できますか（令和 5年12月31日まで）

できます。「紙」で受領した請求書は、スキャンして電子データにしてから仕訳伝票に添付します。
メールなどで「電子」で受領した請求書は、そのまま仕訳伝票に添付します。
詳細は、こちらをご参照ください。